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免稅令 (直接外購) 原分所及中大區的直接外購案，不限金額，皆可由採購單位申辦免稅令，以免於徵收關稅。若是以自費方式向國外採購貨品，則無法申請免稅令。

免稅令必須在取得原廠估價單後才能夠提出申請。

原分所：申請後等待本所所長簽准，還需要再加 14 個工作天才會核下。若貨品在免稅令核下前已到貨，須以押款的方式(零用金代墊)將貨品從海關提領出來。

中大區：申請後需待採購單位審核完成(約1~2周)，再加14個工作天才會核發。若貨品在免稅令核發前已到貨，須以押款的方式(由老師或助理先代墊)將貨品從海關提領出來。

若貨品在提出請購單申辦免稅令之前，即已抵達台灣海關，這是明顯違反採購程序，視之為私人採購，無法以免稅單位的名義補辦免稅令。貨品入關所需之關稅就要由請購人承擔。 免稅令 (代理商：透過代理商採購，由代理商開立統一發票者)

廠商提供之估價單請加註“採購價格不含進口關稅但含營業稅”。

原分所區內購案件，3萬元以上皆可申辦免稅令。辦免稅之採購物品，可與代理商之其他貨品一同進口報關，而非必須單獨進口 (單獨進口運費成本高)。
中大區內購案件，不限金額，可申辦免稅令。 通關時可能發生的狀況

1. 項目不符：免稅令是依據請購時所附的估價單項目辦理，所以貨品清關時，海關對照免稅令與 Packing List 的項目 (包括品名型號、規格、金額及數量) 相符，就會放行。若不相符，則貨品會遭海關扣留。
   處理辦法：若此購案有代理商，可交由代理商處理。若為直接外購，則向原廠索取正確的 Invoice 或 Packing List，再交由報關行處理。

特殊情況：近期發現，海關都會要求提供貨品用途、功能等說明，需附型錄、說明書或網頁介紹並加註說明(附系所章)等。申請人採購時請先備妥。若未能滿足海關的要求，儘管貨品已核准為免稅品，一樣會遭海關扣留。