研究論文的撰寫
Writing a research paper
論文基本架構
Write the main body of the paper first,
- What is the subject?
- Why is it important to study the subject?
- What is known already? How do we understand the subject now?
- What has and has not been done before, and why?
- What is our approach? What is good about it?
- What are the experimental setup and procedures?
- What are the results?
- What are the evidence (signature and null test)?
- What do we learn from the result?
- How is the result related to other people’s work? Does it point out a future direction?
then condense the main body into an abstract.
實際撰寫論文的步驟
- 本實驗室裡寫論文由其計畫負責人負責撰寫，由計畫指導負責修改及寄出。作者名單通常由該計畫負責人擔任第一作者，由 主要協助其進行實驗者擔任第二作者，由 計畫指導擔任最後作者（亦為通訊作者），其他有足夠份量在理論、實驗、及經費上貢獻者置於其間，若只是參與討論、提供有用意見者，則在正文最後 acknowledge。實驗為主的論文若有哪部份的學理是引用了某個合作的理論模擬人員的結果（也就是討論時學到的東西），但沒有用到他的圖和公式，則在 acknowledgement 來感謝，有用到圖或公式則自然要列為 coauthor，不管他自己有沒有另外出一篇理論的論文。另外則依照合作備忘錄將對此研究成果的的產出有貢獻之分工合作人員放入。
- 哪些人列入作者名單及其順序在小組會議時定案 。第一作者是負責提該計畫與主導執行的人，其他有實際貢獻的人則依貢獻度順序排在其後，該計畫之指導者放在後面(合作案可能有兩人以上)，通訊作者都標示出來。
- 先整理好主要的實驗結果，在會議中報告，接受眾人判定是否已成熟到可以撰寫論文。
- 有些論文的主軸與重心是一邊動手寫才一邊成形的，所以一旦判定有足夠的題材後便可直接動手撰寫論文。要擬出主軸，必須要先作 paper search 和 paper research，paper search是要上 SCI database（Web of Science，SPIN database）查詢相關的論文（試著用不同的關鍵字去找），將其完整的收集起來，再做 paper research 來比較它們的差異及歸納出歷史的演化和你的論文的特點，這些都是要詳述在你論文的 introduction 部份。
- 選用適當的文書處理環境，一般我們都用 LaTeX 來寫，圖形用 eps 檔，依欲投稿期刊的要求選用適當的 document style（例如 Revtex 裡的 pre 選項）並找出該期刊要求的格式，作業環境可用 Winedit + Miktex 或用 Scientific Workplace。 Compile 後想印出來讀和修改時應用 preprint 格式，檢查論文長度和圖形大小時應用 two-column 格式。
- 由於現在都是以電子檔為主要出版形式，而電子檔彩色與灰階並沒有成本上的不同，所以各期刊都提供免費的彩色電子版的選項，請在論文投稿時確實善用彩色圖來提昇圖的易讀性。也就是所有圖都是以彩色版為準（也就是從讀者從網路下載電子檔時會看到的版本），若投稿時需要上傳黑白灰階版的圖供紙本使用（因彩色圖昂貴），則在投稿之前要依據最後要投稿的版本做好灰階圖提供給計畫指導（灰階版檔名後面加 -grayscale 以供區隔）。有些圖本來就是以黑白灰階最合適，自然是使用黑白灰階，並且在檔名加 -grayscale。
- 先定一個初步的論文標題，然後開始將實驗架設及所有實驗結果逐一寫成一個段落，能解釋的加上解釋，不能的解釋的先說不能解釋，能寫的出的前言介紹部份及結論部份先試著寫看看，儘可能把所有相關的成果都放入。每一個重要結果由一張或幾張圖表示，圖的條件必須說明清楚，作法必須清楚呈現出你所要說明的重點，對每個圖都要包含它的觀察結論、觀察結論的證據、解釋、支持此解釋的證據、及有何新穎之處。如果自己真的英文能力或物理能力還太差，無法寫出主體的話，應儘速將該放入的數據圖及實驗架設、實驗參數的描述都放入，然後先交給指導老師來代寫第一版的主體，然後再依以下程序來回修改。寫paper時，第一版一定要記得把過去所有討論到的主要重點及次要重點都從筆記本和錄音中一個不漏的整理寫進去，你可以還無法把他們串連的很好，但不能漏掉，因為別人可以幫你重整你所放入的資料，卻無法替你加入你沒有放入的資料。
- Reference 的搜尋和選擇對 paper 能否被接受是很重要的一環，有時對一件事有很多可能的 references，這時就要判斷是要選最早的、最新最有突破的、還是 review paper，否則該引述卻沒有的論文的作者如果是這篇的 referee 的話，那就會故意找麻煩。
- 經過自己仔細的檢查文法及拼字，然後經過組內另一資深的人仔細檢討過，一致同意數字、物理、和文法後，命名為第一版，傳給計畫指導修改。傳的方式是在 ltl/upload/in_preparation 內建一個 folder 以該篇論文名稱為名稱，內放置所有圖形 eps 檔和最新版本之 tex 檔，再加上一個『Archive』的資料夾，內包括（1）『Original figure files』folder內放置產生這些圖形檔的原始 CorelDraw, Origin,…檔’、（2）一個『References』 folder內含所有reference內的文章的 pdf檔（PDF檔的命名方式應和 cite時的標示一致，然後加標題，例如 Chen1998PRL-Electron acceleration…）、及（3）所有舊版用的 tex檔。 亦可放置到Google雲端硬碟，分享給修改的老師，然後通知老師去下載。
- 計畫指導修改期間繼續針對尚未能解釋的部份去收集資料來提出解釋，繼續處理尚未處理完的資料，畫出新的數據圖。
- 為避免計畫指導太忙而延誤了你這篇論文的修改，身為第一作者必須定時的主動去找老師詢問狀況（第一輪給修改者七天，之後每一輪只給三天，如此才能在一個月內投出，才具競爭力）。
- 計畫指導修改後針對前言介紹部份的完整性、重要相關工作的評論、論文的主軸、實驗數據對支持所宣告結論的說服力、以及尚未解釋的部份加以討論，給予指示，然後由第一作者拿回去修改、補充。對於文法（論文可讀性）的部份，由老師修改後交回第一作者比對和原來的差異，如果覺得老師改的比較好則依此修改，如果有不認同或不了解之處則需逐一與老師討論最佳的寫法，當面定案，如此才能在學術寫作上有所成長。此外需確實檢查是否有將所有相關的論文都收集到並了解其內容，重要的一定要列入參考文獻，不能遺漏，別人的密切相關成果一定要知悉並且在前言介紹中比較，儘可能以最好的切入點來盡量凸顯我們工作的重要性，以引起編審及讀者的興趣。（註：文法訂正的內容很廣，無法一一敘述，但重點是要求用字的恰當與各段落起、承、轉、結的流暢，前者可藉譯典通等字典的同義字的選擇來達成，後者則是藉由連接詞的運用來達成。另外，主受詞的對應常是非英語母語學生要特別檢查的。請參閱常見英文文法錯誤一一核對檢查。）
- 內心對某些論證或資料處理感到有些不安時，一定要將其提出來討論，不能就選擇忽略過去，因為你絕對無法自欺欺人，它遲早還是一定會跑回來咬你。對文章裡的任何東西，例如對別人工作的評論、各實驗數字、物理論述、、、等等，都必須自己做完整的確認，絕對不能對任何一樣東西假設老師已經確認或認同，否則大家彼此都以為是對方確認的而都沒有去改，那問題就大了。身為第一作者，沒有任何東西是你不用親自確認認同的。細心與耐心是成為科學家的重要因子，它不僅是發揮在實驗時，也須發揮在撰寫論文時。
- 再加上新的資料後訂為第二版，再傳給計畫指導做第二次修飾，依此循環數次至收斂到雙方已覺完備為止。最後做嚴密的編輯正確性檢查。如果是由主筆一次傳給多人修改時，為了避免混淆，各人的修改應以粗體標示，並將檔名更改為原來的檔名加上你的名字（例如 HHChu_v3_xfxiao）如果對同一版修改了一次以上，則在檔名最後再加上 -1, -2,…標示。紙本同樣在其上標示以此方式命名的檔名。
- 計畫指導與第一作者完成來回修改後，計畫指導將論文傳給所有核心教授進行修改。所有實驗論文發表都必須分別把所有實驗設施核心教授列為共同作者，所有實驗設施核心教授都必須確實檢查修改該論文，都一致無異義後才能投出去，以提高論文的正確性及水準。所有模擬論文以相同方式經過模擬設施核心教授修改。
- 如果想要寫成 letter的話，就要精簡成其要求的長度；但原來的完整版可留到之後寫 full paper使用。精簡的方式是要尋求更簡潔有力的陳述及避免累贅反覆，而非以刪除材料的方式（甚至要不斷的加入新材料），如此才能使文章越來越豐富、越來越重要，同時也越來越簡潔。
- 然後一方面以等同於 paper review 的方式在meeting 中報告，讓所有人員來評定你這篇文章的主軸是否重要，是否有充分證據支持你的宣告（注意，你只能拿真正有放在這篇paper裡的東西來報告，不能用沒放在裡面的東西來說明，否則就無法測驗這篇paper本身的完整性）；另一方面將此版書面交由更多人（所有老師及組長）來客觀的評判，收集所有人的意見來互相比較，若有值得注意的則需在論文中直接釐清，並且做更多文法上的建議。越多人願意替你檢查越好，因為這樣修改出來的論文就越難挑出毛病。
- 基本上論文的修改應分兩階段，第一階段是和指導老師的來回討論，目的是要確定內容的正確性、豐富性等等，所有的內容都應在此定案。到第二階段交給所有老師修改就是要提高可讀性與吸引力了。前者是做研究的能力，後者是做學問與寫作的能力，你應該學習建立前者的能力，再來慢慢建立後者。也就是說，學習寫論文有三個階段，第一階段要學會寫戰鬥的部份，即所有的圖和說明以及實驗架設的描述 （戰鬥佈局），第二階段要學會寫戰術的部份，即所有主體的部份（戰術邏輯佈局），第三階段要學會寫戰略的部份，即 abstract, introduction, conclusion 的部份（戰略佈局）。
- 最後交由通訊作者（老師）寄出，必須先讀過該期刊網頁上的說明以正確的投稿，並同時寄出著作權轉移同意書，以免延誤出版時間。另一方面，在paper寄出後，亦可將該文章上載至網路 e-Print archive中（http://xxx.lanl.gov/），以供世界各地可以早點得知，這也等效像是提早了論文出版的時間以爭取時效，然而有些期刊像是 Nature, Science並不允許你這麼做，所必須先查清楚才能寄。論文投出後，通訊作者應以 email 告知所有共同作者其投出之時間、期刊、該期刊給的編號、及 archive 給的編號，並將該論文在 ltl/in_preparation 裡的 folder 整個搬到 ltl/group document database/papers/submitted 內。
- 定期進入該期刊投稿論文狀態追蹤欄裡查詢狀況，以確保其不受延誤。
- 通訊作者取得回覆及 referee意見後交給第一作者處理，作者先試著去回答所有的問題，並且在論文內依據editor 及 referee 意見做必要的修改（先把該論文的 folder自 submitted內搬回至 in_preparation內）。給 referee的信中除了對 referee 的各個疑問逐一解釋外，必須說明在修改後的論文裡已如何針對他的意見加以修改或補充。此外，如有新的重要資料時亦加到修改的論文裡，並在給 referee和 editor的信中說明此項改變。
- 將這些信和修改後的論文交由老師修改，來回數次至收斂為止。
- 然後交由通訊作者寄出。
- 如再有意見則依同樣步驟處理，直到論文被接收為止。論文被接收後會收到一份 proof-reading 給作者做最後檢查，請儘速檢查回覆以免延誤 （通常是 24小時內）。確認都沒問題後，請將這篇論文的 folder從 in_preparation搬至 group document database/papers/reprint 內。
- 如 referee 對此論文出版在此期刊有意見時，應加以說明或選擇不同期刊投稿。通常剛開始撰寫時一定要把目標放高（ Nature, Science, PRL），試看看能不能寫出這樣的 paper，最後如果發覺實在無法達到那樣的 impact，才挑選最適合的期刊投稿，這樣才能迫使自己去發覺它的價值。選擇期刊是根據你這篇論文的 impact，無論發表在哪個期刊都是要對內容的正確性及可讀性有著同樣高的要求，而非以為把可能錯的內容發表在較不受重視的期刊上就可以逃過。想要知道各個journal的統計數字比較，請見 Journal Citation Reports。
- 所有實驗室人員有論文被接受時，其通訊作者要（1）對整個實驗室發佈，（2）通知行政助理加入網頁內，（3）在論文正式發表後將 pdf檔寄給行政助理掛上網頁。
- 網頁首頁裡除了各下拉式選單外就是一個最新成果展示欄，要循環放映四個最新成果的簡單說明。更新的程序為：各論文的 first author在收到其論文被接受的公告後就要打一張該論文的介紹，左邊為主要架設方法，右邊為主要成果數據圖，用漂亮的彩色圖加簡單的文字（文字說明要中英文都要），然後將此檔案寄給計畫指導審查無問題後 ，將相關檔案給原分所區行政助理，以將該檔案掛到 publication裡該論文的 Illustration連結裡（另一連結是該論文正式發表時的 pdf 檔），及將其加到首頁最新成果展示欄裡（保持最新的四個在放映）。